2013 r.). Był jedyny album grupy nagrany z Benem Kenneyem, późniejszym gitarzystą Incubus, i jednocześnie pierwszy album po odejściu Malika B., który miał w tym czasie problemy narkotykowe (poświęcony mu został 10-minutowy psychodeliczny utwór „Water”). Singlami do Phrenology zostały adaptacja piosenki Cody’ego ChesnuTTa, „Seed (2.0)”, oraz „Break You Off”. Część materiału pochodzi z niedokończonego debiutu solowego Black Thoughta (Masterpiece Theatre). Album został opublikowany tuż przed rozpadem MCA.
Interscope Po rozpadzie MCA kontrakt The Roots ponownie został przeniesiony wewnątrz Geffen, tym razem do Interscope. Kolejny album grupy, The Tipping Point (tytuł książki Malcolma Gladwella), powstał pod dużym wpływem szefa Interscope, Jimmy’ego Iovine’a, oraz związanego z tym wydawnictwem Scotta Storcha. W zamierzeniu miał być bliższy reprezentowanemu przez Interscope mainstreamowi i odnieść podobny sukces, miał jednak słabe recenzje i niską sprzedaż. Powszechnie uchodzi za najsłabszy obok amatorskiego Organix album w dorobku The Roots. Po jego opublikowaniu grupa opuściła Geffen i związała się z Def Jam.
Def Jam W 2005 roku The Roots planowali nagranie nowej płyty w Nowym Orleanie, wspólnie z tamtejszym To Be Continued Brass Band.