Wpływ reformacji na dzieje kościoła Jeszcze przed nadejściem reformacji, w 1447 roku był pożar miasta. Z relacji wiadomo, że spłonęły organy w kościele św. Mikołaja.
W 1522 roku przybył z Białoboków do Słupska kapłan norbertanek Jan Krystian Ketelhuta. Nauczał on w kościele św. Mikołaja, niezgodnie z ówczesnym duchem administracji kościelnej i państwowej bo nauczał zgodnie z naukami Marcina Lutra. Książę Bogusław X po cichu sprzyjał reformacji – taka postawa księcia pomagała księdzu. Po śmierci księcia, już za czasów jego następcy doszło do zwycięstwa ruchu reformacyjnegoHalina Machura, Zdzisłąw Machura, Zofia Madela; PRZEDZIWNE DZIEJE KOŚCIOŁA ŚW. MIKOŁAJA I ZAKONU NORBERTANEK W SŁUPSKU, Słupsk 2004, s. 37..
W Słupsku wprowadzono wyznanie luterańskie, miejscowy superintendent postanowił o zamknięciu innych kościołów, poza kościołem Mariackim i św. Mikołaja. W kościele św. Mikołaja odbywały się nabożeństwa ewangelickie, zatem w całym Słupsku nabożeństwa odbywały się tylko w kościele Mariackim i św. Mikołaja.
Los kościoła w czasach nowożytnych Odbudować kościół postanowił pułkownik Steding. W 1737 roku kościół po remoncie stał się zborem garnizonowym. Pułk wyruszył na wojnę, opuścił Słupsk w 1740 roku, nie uszanowano zabiegów pułkownika przy utrzymaniu kościoła św.