Dużo lepiej poszło Colo-Colo z Fernándezem w składzie w kolejnym sezonie. Zespół po raz 24 w historii wygrał fazę Apertura, a następnie dotarł do finału Copa Sudamericana, w którym przegrał po dwumeczu z meksykańskim klubem CF Pachuca. Na koniec sezonu Fernández pomógł Colo-Colo w wygraniu fazy Clausura, a za swoją postawę został uhonorowany nagrodą dla Najlepszego Piłkarza Ameryki Południowej roku 2006.
18 października 2006 Fernández podpisał kontrakt z zespołem hiszpańskiej Primera División, Villarrealem. Suma transferu wyniosła 8,7 miliona euro, a klauzula odejścia wynosiła 50 milionów euro. Chilijskim pomocnikiem interesowały się również Chelsea F.C. i Real Madryt, jednak Fernández wybrał właśnie Villarreal, między innymi ze względu na trenera tego zespołu, jego rodaka, Manuela Pellegriniego. Do Villarrealu przybył 27 grudnia, a 7 stycznia 2007 zadebiutował w Primera División, w przegranym 0:1 domowym meczu z Valencią.
Latem 2009 Fernández za 3,65 miliona euro odszedł do Sportingu CP. Z nowym klubem podpisał 4-letnią umowę. W barwach portugalskiego klubu w 69 meczach zdobył 12 bramek.
Gdy latem 2012 został mu rok kontraktu działacze, Sportingu postanowili go sprzedać. Na poważną ofertę nie musieli zbyt długo czekać.