Walczy u boku Gordona na ulicach Miasta 17 () podczas zbrojnego powstania wywołanego w rozdziale „Pierwszy Antyobywatel”, a pośrednio wspomaga bohatera gry w ostatecznej konfrontacji z doktorem Breenem podczas akcji rozdziału „Czarna Energia” ().
W kompleksie Black Mesa East (w rozdziale gry opatrzonym tym samym tytułem) Alyx wdaje się w energiczną dyskusję z Judith Mossman. Jej wrogość do doktor Mossman wydaje się uzasadniona – w rozdziale „Wiązania” wraz z doktorem Freemanem odkryła, że doktor Mossman zdradziła ruch oporu i wydała lokalizację ukrytych instalacji doktora Vance'a. W ostatnim rozdziale gry doktor Mossman tłumaczy się jednak z podjętych decyzji i między nią a Alyx zawarty zostaje pokój.
W scenie kończącej grę Half-Life 2 Alyx stoi u boku Gordona Freemana w momencie wybuchu ciemnej energii w rdzeniu Cytadeli. Przed skutkami ogromnej eksplozji Gordon ratowany jest przez G-Mana, lecz Alyx najprawdopodobniej jest pozostawiona na miejscu wybuchu, zatrzymana w czasie, jedną ręką osłaniając oczy.