Dżibuti należy do krajów sejsmicznych.
Klimat W Dżibuti panuje klimat podrównikowy suchy, gorący i pustynny. Średnie temperatury stycznia 25-30 °C, sierpnia 33-35 °C (w stolicy kraju: lipiec 31-41 °C, styczeń 23-29 °C), średnia roczna suma opadów: poniżej 100 mm (w stolicy kraju: 130 mm). Jest to jeden z najgorętszych i najbardziej suchych krajów na ziemi. Z powodu ekstremalnych temperatur Dżibuti nazywane jest tyglem Afryki. Od maja do września temperatury mogą przekraczać nawet 50 °C. To właśnie w Dżibuti zanotowano najwyższą nieoficjalną temperaturę na Ziemi: 63 °C. Jednocześnie kraj cechuje wysoka wilgotność powietrza, utrzymująca się przez cały rok. Dżibuti znajduje się pod niewielkim wpływem monsunów, czasami kraj nawiedzany jest jednak przez cyklony tropikalne, które należą do rzadkości w tej części świata. Cyklony te zawsze powodują powodzie w kraju. Kraj nękany jest także częstymi suszami.
Fauna i flora Dżibuti jest krajem o pustynnym krajobrazie, zdominowanym przez góry. Z tego względu dominuje tam roślinność półpustynna i pustynna, tylko na wybrzeżu występują nieliczne lasy namorzynowe. Na północy kraju na stokach gór rosną lasy, objęte ochroną w ramach parku narodowego Forêt du Day. Zajmują one 0,3% powierzchni kraju.