Aby uświetnić swój awans, tytuł szlachecki i podkreślić dynastyczne znaczenie nowego nazwiska rodziny po powrocie do Rzeczypospolitej rozpoczęli starania o utworzenie ordynacji, której fundację potwierdził sejmik generalny w Nowym Mieście Korczynie (1603). Założony w 1601 roku fideikomis Gonzagów Myszkowskich składał się z 3 miast oraz 78 wsi i był dziedziczony w linii męskiej.
W 1799 roku ordynacja dzieliła się na 12 kluczy dóbr ziemskich, które nazwy swoje wzięły od miejscowości do nich należących. Miejscowości te to: Książ Wielki, Rogów, Kępie, Marcinowice, Olszówka, Przyłęczek, Książ Mały, Pińczów, Szaniec, Chroberz, Kozubów i Michałów. Wsie wchodzące w skład ordynacji to, m.in.: Brzeście, Galów, Kopernia, Kozina, Mierzawa, Mikułowice, Młyny, Pasturka, Pawłowice, Pomyków, Skorzów, Słabkowice, Szaniec, Szczypiec, Uników, Włochy,
W pierwszej siedzibie ordynacji w Pińczowie gośćmi Myszkowskich byli m.in.: książę de Nevers Karol Gonzaga, który jako wysłannik króla Francji przebywał w Polsce, nuncjusz papieski Klaudiusz Rangoni, książę Jeremi Wiśniowiecki i król August II Mocny.
W 1727 roku po śmierci ostatniego przedstawiciela rodu Gonzagów Myszkowskich o majątek pińczowski zaczęli się procesować jego spadkobiercy, rodziny Jordanów i Wielopolskich, które zamierzały przejąć to magnackie latyfundium.