W ramach przeprowadzonej przed rozpoczęciem sezonu 2008/09 reorganizacji rozgrywek ligowych w Polsce I ligę przemianowano na ekstraklasę, a II ligę na I ligę. Nowa II liga powstała jako trzeci poziom rozgrywek centralnych, którego wcześniej w Polsce nie było. Zwycięzcy czterech grup III ligi sezonu 2007/08 uzyskali awans do nowej I ligi (dawnej II ligi). Większość nowych II-ligowców stanowiły drużyny z dawnej III ligi. Drużyny z miejsc 2-4 kwalifikowały się automatycznie do nowej II ligi, drużyny z miejsc 5-8 awansowały do II ligi, bądź pozostawały w nowej III lidze (co w istocie było spadkiem o jeden poziom rozgrywek). Zależało to od liczby spadkowiczów z dawnej II ligi z terenów poszczególnych makroregionów. W istocie do II ligi zakwalifikowano z III ligi wszystkie zespoły z miejsc 5. i 6., 3 zespoły z miejsc 7. i 2 zespoły z miejsc 8. Pozostałe zespoły spadły natomiast do utworzonej wówczas III ligi.
Nową II ligę utworzyło zatem 3 zespoły spadające z dawnej II ligi (przemianowanej na I ligę), 25 zespołów z III ligi oraz 8 zespołów, które z IV ligi, po barażach, awansowały bezpośrednio do nowej II ligi.