Został tym samym czwartym w historii Lecha szkoleniowcem, który świętował zdobycie z tym klubem tytułu mistrzowskiego. Z powodu odpadnięcia z eliminacji do Ligi Mistrzów oraz słabych występów w Ekstraklasie Jacek Zieliński pożegnał się z funkcją trenera Lecha 2 listopada 2010.
22 marca 2011 powrócił na stanowisko pierwszego trenera Polonii Warszawa. Pełnił tę rolę przez rok i pięć dni – do 27 marca 2012.
5 września 2012 został trenerem Ruchu Chorzów, zastępując w tej funkcji Tomasza Fornalika. 16 września 2013, dzień po przegranym meczu z Jagiellonią Białystok (0:6), podał się do dymisji.
20 kwietnia 2015 Zieliński objął posadę w Cracovii, przejmując zespół po Robercie Podolińskim. Prowadził krakowską drużynę do czerwca 2017 roku, kiedy to w fotelu trenera zastąpił go Michał Probierz.
21 lutego 2018 został zatrudniony przez Bruk-Bet Termalikę Nieciecza. Siedem miesięcy później pożegnał się z posadą szkoleniowca tego klubu. 12 kwietnia 2019 został trenerem Arki Gdynia – pracę w Trójmieście zakończył 8 października tego samego roku.
10 listopada 2021 Zielińskiego ogłoszono następcą Michała Probierza w roli pierwszego trenera Cracovii.