Ostatecznie Guarín zagrał tylko w 2 meczach Primera División, a z Boca wygrał fazę Clausura i tym samym wywalczył mistrzostwo Argentyny. Saint-Étienne W sierpniu 2006 Fredy trafił na wypożycznie do klubu francuskiej Ligue 1, AS Saint-Etienne, które zapłaciło za ten transfer 0,1 mln euro. W barwach „Zielonych” zadebiutował 5 października w sparingu z Espanyolem Barcelona. Jego klub wygrał 2:0 a on sam zdobył obie bramki. Swój debiut w Ligue 1 Guarín zaliczył 14 października w derbach regionu Rodan-Alpy z Olympique Lyon. Pomimo porażki 1:2 Guarín został chwalony przez francuską prasę i od czasu debiutu trener zespołu Ivan Hašek coraz częściej zaczął stawiać na młodego Kolumbijczyka. Kierownictwo Saint-Etienne ostatecznie zdecydowało się wykupić zawodnika na stałe z Boca Juniors płacąc 0,5 mln euro, co stało się faktem w 2007 roku. Nowopodpisany kontrakt miał obowiązywać przez 4 lata. Do lata 2008 Guarín rozegrał dla "Zielonych" 36 spotkań i zdobył jednego gola w spotkaniu z Troyes AC (17 marca 2007). FC Porto 190px|lewo|mały|Guarin podczas meczu FC Porto z CSKA Moskwa 10 lipca 2008 roku Guarín podpisał czteroletni kontrakt z FC Porto. Sumy transferu nie podano (prawdopodobnie ok. 1 mln euro), ale w zamian za Kolumbijczyka Les Verts wypożyczyli Paulo Machado.