Z dniem 26 listopada 1940 roku Zbigniew Węglarz został I oficerem broni podwodnej na niszczycielu ORP „Błyskawica”, a od lipca do września 1941 roku przebywał w dyspozycji Komendanta Uzupełnień Floty kmdr por. Ludwika Ziembickiego z wyznaczeniem na komendanta Obozu Szkolnego w Bickleigh. Potem był I oficerem broni podwodnej ORP „Burza” w trakcie remontu.

thumb|Dywizjon niszczycieli podczas realizacji Planu „Peking”. Widok z rufy ORP „Błyskawica” na ORP „Grom” i „Burza”.

18 stycznia 1942 roku objął stanowisko I oficera broni podwodnej niszczyciela ORP „Piorun”, na którym brał udział w konwojach na Oceanie Atlantyckim, Morzu Północnym i do Gibraltaru, Operacji „Husky” oraz działaniach na Morzu Śródziemnym i przeciw „Tirpitzowi”. Wyokrętowano go 12 maja 1944 roku, wskutek zatargu z zastępcą dowódcy okrętu kpt. mar. Wieńczysławem Konem. Po krótkim pobycie w dyspozycji szefa Kierownictwa Marynarki Wojennej wiceadm. Jerzego Świrskiego, rozpoczął służbę w Szkole Podchorążych Marynarki Wojennej w Okehampton jako wykładowca broni podwodnej i oficer kursowy Szkoły Podchorążych Rezerwy Marynarki Wojennej.