Został wywieziony z okrętu przez oficerów Głównego Zarządu Informacji Wojska Polskiego pod pozorem wezwania do dowódcy Marynarki Wojennej, który de facto nie wydał zgody na jego aresztowanieNiewydanie zgody na aresztowanie kmdr. Węglarza było jednym z powodów odwołania kontradm. Steyera.. Pomimo torturowania w śledztwie nie przyznał się do winy. Wyrokiem Najwyższego Sądu Wojskowego z dnia 20 listopada 1951 roku skazano go na osiem lat więzienia za zorganizowanie spisku w wojsku. Decyzją Najwyższego Sądu Wojskowego z 19 stycznia 1955 roku został zrehabilitowany i zwolniony po czterech latach i siedmiu miesiącach.
Awansował kolejno na stopnie oficerskie: podporucznika marynarki – 1936 porucznika marynarki – 1940 kapitana marynarki – 1945 komandora podporucznika – 1948