Między bohaterów wkracza agentka FBI Payton Perrota, a ich życiu znowu zagraża Grave Digger. Tym razem morderca i porywacz uprowadza Bootha. Temperance prosi o pomoc Jareda, który wspiera ją, dzięki czemu ratują Bootha. W trakcie serii przewijają się postaci ojca Temperance, a także byłego terapeuty Bootha – dr. Wyatta. Zmuszają oni Temperance i Bootha do głębszego zastanowienia się nad uczuciami. Im bliżej końca serii, tym sytuacja między dwójką bohaterów zaczyna nabierać rumieńców. Booth po kłótni z bratem może znaleźć oparcie tylko w przyjaciółce. Całe laboratorium i nie tylko jest przekonane o ich dopasowaniu. Wreszcie, gdy Bones podejmuje decyzję o posiadaniu dziecka i prosi Bootha, by został jego ojcem, nadchodzi punkt kryzysowy. Booth początkowo zgadza się jej pomóc, ale nie jest pewny swojej decyzji. Kiedy okazuje się, że ma guza mózgu, w drodze na operację prosi Brennan by, w razie, gdyby coś poszło nie tak, użyła jego nasienia. W finałowym odcinku serii okazuje się, że operacja poszła dobrze, ale Booth był w śpiączce. Gdy się budzi, czuwa przy nim Bones.