W 1918 po upadku monarchii austro-węgierskiej Eugeniusz Ferdynand Habsburg został zdymisjonowany z zajmowanych stanowisk przez nowy rząd Austrii. Obawiając się o dalsze istnienie zakonu krzyżackiego i jego niepewną sytuację jako silnie związanego z dynastią habsburską postanowił zrezygnować z urzędu wielkiego mistrza. Na swojego następcę wyznaczył biskupa Norberta Kleina z Brna, którego uczynił nieoficjalnie swoim koadiutorem. W 1923 zrezygnował ze zwierzchnictwa nad zakonem krzyżackim.
Zamieszkał w Szwajcarii, początkowo w Lucernie, później w Bazylei, w 1934 powrócił jednak do Austrii. Osiadł w Gumpoldskirchen, a od 1938 w Wiedniu. Kiedy w roku 1931 Zamek Hohenwerfen spłonął, odbudował go z własnych środków. Niemniej w roku 1938 był zmuszony sprzedać go Okręgowi Rzeszy Salzburg. Po II wojnie światowej mieszkał pod Innsbruckiem.
Zmarł w 30 grudnia 1954 podczas pobytu w sanatorium w Merano. Pochowany został w katedrze św. Jakuba w Innsbrucku.