W 1992 Rada Naukowa Instytutu Historycznego UG nadała Tadeuszowi Stegnerowi stopień naukowy doktora habilitowanego nauk humanistycznych w zakresie Historii na podstawie pracy Polacy-ewangelicy w Królestwie Polskim 1815–1914. Kształtowanie się środowisk. Ich działalność społeczna i narodowa. W 1996 został mianowany na stanowisko profesora nadzwyczajnego UG w Instytucie Historii, w 2001 uzyskał tytuł naukowy profesora nauk humanistycznychPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 18 czerwca 2001 r. nr 115-10-2001 o nadaniu tytułu naukowego profesora (), w 2007 został mianowany na stanowisko profesora zwyczajnego, a od 1 października 2019 objął stanowisko profesora.
Na Uniwersytecie Gdańskim pełnił wiele funkcji: był prodziekanem ds. kształcenia i studentów Wydziału Filologiczno-Historycznego UG (1993–1996), dyrektorem Instytutu Historii Wydziału Filologiczno-Historycznego UG (2003–2008), kierownikiem Zakładu Historii Polski i Powszechnej XIX wieku (1991–1993, 1996–1998), kierownikiem Zakładu Historii Myśli i Kultury Politycznej (2001–2003, 2008–2022).