W 2000 roku Pérez przeniósł się do Major League Soccer zostając zawodnikiem Columbus Crew. W MLS zadebiutował w pierwszym meczu zespołu, 18 marca, a Columbus przegrało 1:5 na wyjeździe z Tampa Bay Mutiny. John rozegrał 30 meczów i strzelił 3 gole, ale Columbus nie weszło do fazy play-off. W 2001 roku zespołowi w końcu udało się wyjść z Centralnej Dywizji sezonu zasadniczego, jednak w ćwierćfinale play-off odpadł po dwumeczu z San Jose Earthquakes – dorobek Péreza to 25 meczów i 8 goli. W Stanach Zjednoczonych Pérez spędził jeszcze jeden rok. Z Columbus, w barwach którego rozegrał 20 meczów i zdobył 1 gola, awansował do półfinału play-off, a tam zespół odpadł po meczach z New England Revolution.
W 2003 rok Pérez na rok wrócił do swojego macierzystego klubu, Independiente Medellin, ale po zakończeniu sezonu zakończył piłkarską karierę w wieku 33 lat.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1991 Independiente Medellín Copa Mustang ? ? 1992 Independiente Medellín Copa Mustang ? ? 1993 Independiente Medellín Copa Mustang 45 1 1994 Independiente Medellín Copa Mustang 38 1 1995 Independiente Medellín Copa Mustang 29 0 1995/96 Independiente Medellín Copa Mustang ? ? 1996/97 Deportivo Cali Copa Mustang ? ?