1 października 1939 rozpoczął pracę duszpasterską w Hajnówce, gdzie pracował do 11 listopada 1939. W tym dniu został wezwany na posterunek milicji. Został tam zatrzymany i po trzech godzinach rozmowy wywieziony do Świsłoczy. Tu został niesłusznie oskarżony o to, że namawiał swego ucznia do wywieszania afiszów z napisem: „Niech żyje Polska, precz z Sowietami”. Ze Świsłoczy w nocy z dnia 11 na 12 listopada przewieziono go pod strażą z karabinami do więzienia w Wołkowysku. Warunki więzienne były bardzo ciężkie. Jak sam wspominał: „Panowała taka ciasnota, że w nocy jedni spali na pryczach, inni pod pryczami, jak ja między kozłami z posłem, na podłodze, wszyscy na jednym boku. Nikt nie mógł sobie pozwolić leżeć na wznak lub na innym boku. Kiedy przewracał się jeden, musieli to samo czynić inni. Jednemu w ogóle zabrakło miejsca, więc leżał na plecach, a nogi wkładał do paleniska w piecu, a obok stała parasza – kubeł dla spraw fizjologicznych. Tylko na pryczach były stare sienniki polskie, wypełnione startą słomą, z których sypało się próchno na tych, którzy leżeli pod pryczami;