Już na dwie kolejki przed końcem rozgrywek Bochum miało zapewniony byt w Bundeslidze, a sezon zakończyło na bardzo dobrej 8 pozycji. W lecie 2007 roku z drużyny Kollera odeszło dwóch podstawowych graczy, którzy decydowali o sile napędowej jego teamu - Teofanis Gekas oraz Zvjezdan Misimovic. To jednak nie przeszkodziło w zajęciu 12. miejsca. Niespodziewanie przed sezonem 2008/2009 Koller nie był zmuszony do sprzedaży swoich najlepszych graczy, dostał nawet dodatkowe fundusze na transfery, co zaowocowało powrotami takich zawodników jak Paul Freier czy Vahid Hashemian. Dysponował on praktycznie najlepszą kadrą za swojej kadencji, w związku z tym otrzymał zadanie od zarządu - zdobyć co najmniej 45 punktów, czyli środek tabeli. Tego zadania Szwajcar wykonać jednak nie zdołał, a fani znów żądali jego dymisji, szczególnie po tym w jaki sposób pozbył się w przerwie zimowej kapitana i zarazem ulubieńca publiczności na RewirPowerStadion - Tomasza Zdebela. Do sezonu 2009/2010 Bochum przystępowało już bez spektakularnych transferów, zespół Kollera grał nudną piłką, odnosił słabe wyniki, zdobywając zaledwie cztery punkty w sześciu spotkaniach, a presja kibiców ciągle rosła. Po wrześniowej porażce na własnym boisku z FSV Mainz zarząd nie wytrzymał i postanowił zwolnić niespełna 50-letniego trenera.