Obecnie pozostało jeszcze wejście przez babiniec południowy. thumb|200px|Tablice nad wejściem do synagogi W sierpniu 2006 roku nad wejściem do synagogi odsłonięto trzy tablice pamiątkowe, poświęcone Żydom z Zamościa, ufundowane przez Izraelską Organizację Żydów Zamościa, Okolic i ich Potomków. Na uroczystościach byli obecni prezydent miasta Marcin Zamoyski, ambasador Izraela Dawid Peleg, dawni i obecni mieszkańcy Zamościa. thumb|200px|right|Świecznik chanukowy w zamojskiej synagodze (rekonstrukcja) W dniach od 20 czerwca do 20 sierpnia 2006 roku w synagodze prezentowana była słynna wystawa „Ideal City – Invisible Cities”, podczas której można było podziwiać rzeźbę Pedro Cabrity Reisa, freski Davida Tremletta oraz „Dywan” Katarzyny JózefowiczAktualności Zamość 2008-06-20 - Fundacja Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego.
W sierpniu 2006 roku ukończono pierwszy etap prac przygotowawczych, polegający na opracowaniu dokumentacji projektowej. Uzyskano również pozwolenie na rozpoczęcie kompleksowych prac remontowychAktualności Zamość 2008-08-30 - Fundacja Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego.