W lipcu 2009 roku rozpoczęto gruntowne prace remontowe dzięki dofinansowaniu ze wspomnianych źródeł (Mechanizm Finansowy EOG i NMF). Po ich zakończeniu, 5 kwietnia 2011 roku odbyło się uroczyste otwarcie nowego Centrum „Synagoga” z Multimedialnym Muzeum Żydów Zamościa i Okolic oraz punktem informacyjno-kulturalnym Szlaku ChasydzkiegoFODŻ - Rewitalizacja Synagogi w Zamościu 2011-04-06FODŻ - Broszura "Rewitalizacja Renesansowej Synagogi w Zamościu na potrzeby Szlaku Chasydzkiego oraz lokalnej społeczności, str. 3.
Synagoga została wpisana do krajowego rejestru zabytków nieruchomych pod numerem kl.V-Oa/38/56 w dniu 26 maja 1956 oraz A/306 z 31 marca 1967.
Architektura thumb|230px|Wnętrze synagogi po renowacji Murowany budynek synagogi wzniesiono na planie kwadratu, w stylu polskiego, późnego renesansu. Po dobudowaniu babińców, plan przybrał formę prostokąta o wymiarach 11,8 na 12,0 metra, którego dłuższa oś jest orientowana wschód-zachód. Budynek centralny wieńczy grzebieniasta attyka, zasłaniająca tzw. dach pogrążony.