Potop szwedzki Aktywność gospodarczą Kurlandii i Semigalii zahamował gwałtownie potop szwedzki. W 1658 roku wycofujące się z Litwy wojska szwedzkie podbiły dotychczas neutralne księstwo. Do niewoli dostał się wraz z rodziną Jakub Kettler. Książę został uwięziony najpierw w Rydze później w twierdzy Iwangorod nad Narwą. Odzyskał wolność dopiero na mocy pokoju w Oliwie z 1660 roku. W tym czasie doszło do załamania gospodarki kurlandzkiej, która padła z powodu grabieży szwedzkich.
Uwolniony książę starał się do końca życia odbudować zniszczony kraj. Bezskutecznie podejmował również próby odzyskania kolonii, które podporządkowały sobie Holandia i Anglia. Czynił to w latach 1668, 1670, 1675, 1677 i 1681. Lawirując między Anglią, Francją i Holandią próbował powrócić do pozycji, jaką zajmował przed 1655 rokiem.
Życie prywatne Z małżeństwa z Ludwiką Szarlottą Hohenzollern Jakub Kettler doczekał się pięciorga dzieci, w tym dwóch synów, którzy byli książętami Kurlandii i Semigalii.