Podczas I wojny w Zatoce Perskiej pracowała jako oficer łącznikowy w Waszyngtonie. W 1992 wstąpiła do nowego wydziału Security Service zajmującego się irlandzkim terroryzmem. Rok później weszła w skład zarządu SS, gdzie zajmowała się techniczną stroną działalności organizacji. Później została dyrektorem ds. irlandzkiego terroryzmu. W 1997 roku została zastępcą dyrektora generalnego SS, a w 2002 zastąpiła na stanowisku dyrektora generalnego sir Stephena Landera jako druga kobieta po Stelli Rimington na tym stanowisku.

Jako dyrektor generalny SS pobierała pensję w wysokości 150 000 GBP rocznie. Zapowiedziała większą otwartość tej służby specjalnej m.in. poprzez uruchomienie jej strony internetowej i rekrutację funkcjonariuszy przez ogłoszenia w gazetach. Do wiadomości publicznej zaczęto również podawać szacowane zagrożenie terrorystyczne. W 2005 została odznaczona Krzyżem Komandorskim Orderu Łaźni.

15 grudnia 2006 roku powiadomiono, że Eliza Manningham-Buller odejdzie ze stanowiska dyrektora generalnego SS w kwietniu 2007 po 33 latach pracy w kontrwywiadzie.