Została ochrzczona w wierze luterańskiej 31 sierpnia 1982 roku w kaplicy Pałacu Królewskiego w Sztokholmie. Jej rodzicami chrzestnymi zostali: jej ciotka, Krystyna Bernadotte (księżniczka Szwecji), jej wujek, Walther Sommerlath, a także: Benedykta Glücksburg (księżniczka Danii) oraz Andreas (książę von Sachsen-Coburg-Gotha). Magdalena wystąpiła w tradycyjnym stroju, w którym jako pierwszy w 1906 roku został ochrzczony jej dziadek, Gustaw Adolf Bernadotte. Oprócz tego, zgodnie z tradycją zapoczątkowaną podczas chrztu jej starszej siostry, została ochrzczona wodą pochodzącą z drugiej co do wielkości wyspy szwedzkiej – Olandii.
Ma dwoje rodzeństwa – Wiktorię (ur. 14 lipca 1977) i Karola Filipa (ur. 13 maja 1979).
Młodość Swoją młodość spędziła w pałacu Drottnigholm, gdzie się urodziła. Ze względu na dużą nieobecność jej rodziców, ogromną rolę w jej wychowaniu miała jej starsza siostra, Wiktoria. Po latach Magdalena przyznała to w jednym z wywiadów, mówiąc: „Czuła, że największa odpowiedzialność spada na nią, była dla nas bardzo ważna jako starsza siostra. Czasem sobie z tego żartujemy. Kiedy poszłam do szkoły umiałam już czytać, bo kiedy byliśmy mali bawiła się z nami w szkołę. Dyrygowała nami, uczyła nas czytać. Jest bardzo pomysłowa, dlatego była wspaniałą starszą siostrą.