Tam został sekretarzem Raczyńskiego jako ambasadora RP w Bukareszcie i pozostał na tej placówce, także po ewakuacji polskiej ambasady w 1940, zostając szefem biura polskiego ambasady Chile, która odtąd reprezentowała polskie interesy. Z Rumunii wyjechał razem z personelem ambasady angielskiej, która w następnym roku została również ewakuowana – do Turcji. Tam Giedroyc postanowił wstąpić do wojska, wyjechał więc do Palestyny i został żołnierzem Brygady Karpackiej. Razem z nią brał udział w walkach w Egipcie i obronie Tobruku. Po połączeniu Brygady z wojskami ewakuowanymi z ZSRR pod wodzą gen. Andersa, zaczął pracować w Biurze Propagandy 2. Korpusu. To właśnie w wojsku poznał wielu późniejszych jego współpracowników z „Kultury”, m.in. Józefa CzapskiegoMarek Żebrowski, Jerzy Giedroyć: życie przed „Kulturą”, Kraków: Wydawnictwo Literackie 2012. s. 369–403..
W 1944 został skierowany na kurs oficerski do ośrodka szkoleniowego w Gallipoli;