Treść i teologia thumb|Nag Hammadi Codex II Nazwa zbioru, „Ewangelia”, nie nawiązuje do formy literackiej ewangelii, a raczej do treści. Ewangelia Tomasza praktycznie nie zajmuje się męką, śmiercią i zmartwychwstaniem Chrystusa, co stanowczo odróżnia ją od ewangelii kanonicznych i zbliża do gnostycyzmu. Tematem ewangelii jest Królestwo Boże i uczniostwo Jezusa. Koptyjski przekład porównany z greckimi fragmentami redukuje częstotliwość występowania terminu „Królestwo Boże” i zamienia je na „Królestwo”, np. w logionie 27 (por. P. Oxy. 1) oraz w logionie 3 (por. P. Oxy. 654). Królestwo Boże uzyskuje inne znaczenie niż w źródle Q (zorientowane eschatologicznie) i jest najbliższe sposobowi, w jaki je postrzega Ewangelia Jana. W niektórych przypadkach koptyjski tłumacz mógł dokonywać modyfikacji w oparciu o tekst ewangelii kanonicznych.
Znaczna część logionów znajduje swoje odpowiedniki w Ewangeliach synoptycznych, ale również i w Ewangelii Jana (logiony 13, 19, 24, 38, 49, 92). Niektóre z logionów znajdują swoje odpowiedniki w apokryficznych ewangeliach, jak np. w Ewangelii Hebrajczyków oraz Ewangelii Egipcjan, jednak zależność Tomasza od pozakanonicznych ewangelii jest wysoce nieprawdopodobna.