W 1783 r., po rezygnacji ojca awansował na pułkownika, podczas gdy brat Mikołaj przejął szefostwo pułku. W grudniu 1788 r. został członkiem Komisji Wojskowej Obojga Narodów, gdzie pracował w administracji, zajmując się umundurowaniem i uzbrojeniem. W 1790 r. otrzymał awans na generała-majora i dowództwo Wielkopolskiej Brygady Kawalerii. Podczas wojny polsko-rosyjskiej 1792 r. wchodził w skład Sztabu Generalnego WP. Czasy rządów targowiczan przeczekał w rodzinnym Bukowcu w zaborze pruskim. W 1794 r. przyłączył się na krótko do insurekcji kościuszkowskiej, ale wkrótce stracił do niej entuzjazm i schronił się pod przybranym nazwiskiem u matki w Bydgoszczy, podczas gdy jego regiment został prawie doszczętnie wytrzebiony w bitwie pod Maciejowicami i w czasie rosyjskiego szturmu Warszawy.
W listopadzie 1794 r. wrócił do Warszawy i zajmował się ratowaniem resztek swej wyniszczonej własności w stolicy. W latach 1795–1798 nawiązał w Bydgoszczy ścisłe stosunki z pruskim światem urzędniczym. 27 września 1804 wraz z bratem Mikołajem uzyskał pruski tytuł hrabiowski z przydomkiem von Hutten (zob. Czapscy), rok później sprzedał bratu pół majątku Bukowiec.