W 1995 przeprowadzono kolejny remont linii polegający głównie na renowacji wyglądu stacji w stylu secesji. Wtedy też powstały istniejące do dziś drewniane kioski, odmalowano filary, zamontowane zostały współczesne kasowniki oraz wyświetlacze. Co jednak najważniejsze, osiem z jedenastu stacji otrzymało wygląd bardzo zbliżony do stanu z początku eksploatacji linii – ściany ponownie wyłożono kafelkami. Od tej pory linia funkcjonuje bez większych zmian. W 2002 linia metra została wpisana na listę światowego dziedzictwa UNESCO. Obecnie częstotliwość pociągów wynosi od 2 minut w godzinach szczytu do 10 minut wieczorami. Metro pracuje od 4:32 rano do 23:58 wieczorem.
Przyszłość
W planie inwestycyjnym budapesztańskiego przewoźnika przewidziana jest rozbudowa Kolejki Milenijnej – chodzi o kilkusetmetrowe przedłużenie jej południowego krańca do bulwarów nad Dunajem (Vigadó tér), gdzie istniałaby dogodna przesiadka na tramwaje linii 2 oraz autobus wodny. Nieco większym wyzwaniem miałoby być wydłużenie linii w kierunku północno-wschodnim w dzielnicy Zugló. Przy końcowej stacji miałby powstać duży węzeł przesiadkowy wraz z planowaną przez koleje węgierskie stacją Marcheggi híd. Oprócz tego w tym miejscu możliwa miałaby być przesiadka na tramwaje, trolejbusy, autobusy, do samochodu (Park&Ride) czy na rower (Bike&Ride).