W procesie obu przekształceń uczestniczył prof. Józef Kubik będąc wybieranym do różnych gremiów akademickich i przedstawicielskich.
Na łączny dorobek naukowy prof. Józefa Kubika składa się ponad 250 pozycji, w tym 10 opracowań monograficznych, zwartych i skryptów. Realizował 16 grantów KBN i NCN (w tym 2 granty europejskie). Był promotorem 5 doktorów, 80 magistrów i ponad 60 inżynierów. Był recenzentem w 10 przewodach habilitacyjnych, w 9 przewodach doktorskich oraz 12 postępowaniach o tytuł profesorski.
Organizował konferencje naukowe, m.in. Kolokwium Euromech 264 nt. WAVES in SATURATED POROUS MEDIA, Poznań 1990; TEMPUS COURSE ON ENVIRONMENTAL MECHANICS w ramach XXXI SolMec’96, Olsztyn 1996; Międzynarodową Szkołę Letnią nt. NOWOCZESNE MATERIAŁY POROWATE, Bydgoszcz 2003 - w ramach Centrum Doskonałości POROCENT AB i Centrum Doskonałości AMAS IPPT PAN, Warszawa (współorganizator i koordynator Szkoły); był współorganizatorem i współprzewodniczącym I-go Kongresu Mechaniki Polskiej, Warszawa 2007;