17 września 1944 flotylla przebazowała do Gdyni, osłaniając w tym czasie ewakuację wojsk niemieckich z Finlandii i Tallinna (Rewlu). Od października niszczyciele wraz z ciężkimi krążownikami głównie ostrzeliwały podchodzące wojska radzieckie. W dniach 11–12 i 14–15 października Z-35 i Z-36 wraz z Z-25 i 4 torpedowcami osłaniały krążowniki ciężkie „Prinz Eugen” i „Lützow” ostrzeliwujące pozycje radzieckie koło Memela. Ponownie 23–24 października Z-35 wraz z „Lützowem”, Z-28 i torpedowcami T-13, T-19, T-21 ostrzeliwał w tym rejonie pozycje radzieckie.
W listopadzie do flotylli dołączył Z-43 i przez pewien czas, trzy niszczyciele typu 1936B były jedynymi zdolnymi do akcji okrętami 6. Flotylli. Po północy 12 grudnia 1944 roku, płynąc w składzie flotylli z torpedowcami T-23 i T-28 na operację stawiania zagrody minowej Nil w Zatoce Fińskiej u wybrzeży Estonii, na skutek błędu nawigacyjnego w trudnych warunkach, Z-35 i Z-36 weszły na niemiecką zagrodę minową Nilhorn II i zatonęły na minach. Zginęło 540 ludzi, w tym dowódca flotylli kmdr Kothe.