Lata 2000–2010 thumb|Stanisław Sojka w Rzeszowie (2006) W 2000 jako pianista wspólnie z trębaczem Andrzejem Przybielskim wydał instrumentalny album pt. Sztuka błądzenia. W 2001 wydał album pt. Polskie pieśni wielkopostne z muzyką religijną. W 2002 wydał album pt. Soykanova zawierający poezję Leopolda Staffa, Bolesława Leśmiana i Federico Garcii Lorki. W 2003 uczcił 25-lecie pontyfikatu Jana Pawła II wydaniem albumu pt. Tryptyk rzymski z poematami papieża, a część materiału zaprezentował na koncercie zorganizowanym dla Jana Pawła II w Watykanie. Za ten album otrzymał Fryderyka za najlepszy album z muzyką poetycką i zdobył status złotej płyty.
W 2004 nagrał płytę z wybranymi przez siebie miłosnymi standardami, zatytułowaną Soyka Sings Love Songs. Był to pierwszy album, na którym Sojka jedynie zaśpiewał. Promowała go nowa wersja „Odkąd jesteś” Marka Grechuty. W 2005 zaangażował się politycznie, wspierając kampanię wyborczą partii Prawo i Sprawiedliwość poprzez uczestnictwo w cyklu koncertów „Wiosna Polaków”. W 2005 otrzymał Srebrny Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”. W 2007 zaczął koncertować z nowo powstałą formacją Soyka Sextet Plus.