W 1618 został także prefektem Kongregacji Indeksu i pozostał nim do roku 1621, kiedy to zrezygnował z funkcji ze względu na zły stan zdrowia. W tym samym roku zmarł.
Dzieła Do najważniejszych dzieł Bellarmina należą: Kontrowersje (łac. Disputationes de controversiis christianae fidei) (1586-1593), summa nauki katolickiej, odpowiadająca na potrzeby Kościoła rzymskokatolickiego po pierwszej fali reformacji. Mały katechizm i Katechizm ([łac. Dottrina cristiana breve i Dichiarazione piu copiosa della dottrina cristiana) (1597), przetłumaczony na ponad 50 języków i mający ponad 400 wydań. O głównym obowiązku papieża (łac. Tractatus de potestate Summi Pontificis in rebus temporalibus) (1610) rozprawka, w której wyliczył 7 nadużyć, których nie powinni dokonywać papieże. A oprócz tego, wydał także: Wykaz heretyków (łac. Index haereticorum) O pisarzach kościelnych (wł. De Scriptoribus ecclesiasticis) (1615) O wzdychaniu gołębicy (wł. De Ascensione mentis in Deum, łac. De gemitu columbae) (1615) O sztuce dobrego umierania (wł. De arte bene moriendi) (1620).