Kolejne ciężkie straty w okrętach przyniosła blokada Leningradu, w trakcie której garnizon Kronsztadu był wysuniętą placówką oblężonego miasta w latach 1941–1943. Okręty Floty uczestniczyły w obronie miasta jako pływająca artyleria, a 68 000 marynarzy zostało skierowanych do walk na lądzie. We wrześniu 1941 Kronsztad stał się celem intensywnych ataków lotnictwa i artylerii. Zmasowane naloty przeprowadzane zostały 19, 21, 22, 23 i 27 września. Mimo bardzo silnej obrony przeciwlotniczej Flota straciła wówczas około połowy jednostek. Zatonęły m.in. pancernik „Marat” (ze stratą 326 członków załogi), nieukończony krążownik „Pietropawłowsk”, lider (niszczyciel) „Minsk” i inne okręty, a więcej zostało uszkodzonych, w tym drugi pancernik „Oktiabrskaja Riewolucyja”. Łącznie w pierwszym roku wojny Flota straciła m.in. 1 pancernik, 17 niszczycieli, 27 okrętów podwodnych, 4 dozorowce, 47 trałowców, 3 stawiacze min, 2 kanonierki, 23 kutry torpedowe, a szereg innych okrętów odniósł poważne uszkodzenia. Flota Bałtycka również stawiała w tym czasie liczne miny w Zatoce Fińskiej, na których zatonęło kilka jednostek przeciwnika, lecz w większości wysiłek ten był bezcelowy, gdyż Niemcy nie zamierzali podejmować prób podejścia morskiego do Kronsztadu.