Przygotowanie kadr oficerskich dla Floty rozpoczęto w 1701 w Moskwie w Szkole Nawigacyjnej (przeniesiona w 1715 do Petersburga i nazwana Akademią Gwardii Morskiej, a od 1752 Morskim Korpusem Kadetów).
Pierwszym jej dowódcą został holenderski admirał Cornelius Cruys, którego w 1723 zastąpił hrabia generał-admirał Fiodor Apraksin. Od 1703 Flota stacjonowała w nowo wybudowanej bazie w Kronszłog (później Kronsztadzie). Początkowo składała się jedynie z wiosłowych galer i używana była do przeprowadzania desantu piechoty. W ten sposób wojska rosyjskie zdobyły m.in. Szlisselburg (1702). W 1724 cesarska flota bałtycka liczyła już 141 żaglowych jednostek liniowych i kilkaset okrętów wiosłowych.
W czasie III wojny północnej Flota ta przeprowadziła serię udanych rajdów, zdobywając Wyborg, Rewel (obecnie Tallinn), Rygę, Helsinki i Turku. Pierwszymi znaczącymi zwycięstwami morskimi Floty Bałtyckiej były wygrane nad flotą szwedzką w bitwach pod Gangutem (Hanko) w 1714, Ezele (1719) i Grengam w 1720. Flota podchodziła pod wybrzeże Szwecji, wysadzała desanty, niszczyła garnizony twierdz.
W czasie wojny siedmioletniej rosyjska Flota Bałtycka wspierała od strony morza działania wojsk rosyjskich w Prusach Wschodnich i na Pomorzu Zachodnim.