Pułku Ułanów Wielkopolskich) wspominał: Na stacji Sierpc widać było ślady ataków powietrznych. Rozbite pociągi i dymiące magazynyBrenda W., Okupacja i konspiracja w powiecie sierpeckim w latach 1939–1945, [w:] Dzieje Sierpca i ziemi sierpeckiej, pod red. M. Chudzyńskiego, Sierpc 2003, s. 438–439, 531..
W czasie wojny stacja była intensywnie wykorzystywana przez okupanta. Zarazem była pod stałą obserwacją Armii KrajowejIbidem, s. 463.. Rozbudowano parowozownię, a obok istniejących obiektów wybudowano tymczasową, prowizoryczną halę, która miała służyć do czasu wzniesienia nowej. Koniec wojny przerwał prace, a budynki uległy zniszczeniu. Jednak zachowane niemieckie plany wykorzystano do kontynuacji prac.
Z okresem powojennym w historii stacji związana jest postać Wiktora Stryjewskiego, który służył w tutejszej Służbie Ochrony Kolei. W latach 50. (prawdopodobnie w )Arkadiusz Kozanecki, Z nurtem rzeki Skrwy, Historia – przyroda – zabytki kultury, Płock 2015, s. 68. zakończono budować nową halę parowozowni. Był to ceglany, czterostanowiskowy obiekt na planie prostokąta z wjazdem od jednej strony (parowozownia czołowa) o architekturze typowej dla kolei niemieckich lat 30. i 40. Przez kolejne 30 lat dokonywano niewielkich inwestycji. Pod koniec lat 70. wybudowano stanowisko do tankowania lokomotyw spalinowych na zakończeniu tzw.