1990–1999 Lot do Singapuru w czerwcu 1990 zainicjował pierwsze połączenie z Azją Południowo-Wschodnią. W 1992 Emirates przenosi swoją bazę operacyjną do nowego terminala na lotnisku w Dubaju. W tym samym roku przewoźnik składa zamówienie na 14 samolotów Boeing 777. W 1998 Grupa Emirates przejęła 43% udziałów w Air Lanka (obecnie SriLankan Airlines). W latach 90. przewoźnik dodał do swojej siatki połączeń 28 nowych kierunków.
2000–2009 W 2000 jako pierwszy przewoźnik na świecie zamówił, a w 2008 jako drugi, po Singapore Airlines, otrzymał Airbusa A380. W 2004 Emirates podpisało opiewającą na 100 milionów funtów umowę partnerską z Arsenalem na 15 lat, następnie przedłużaną w 2012 i 2018. W 2005 została zawarta umowa z Boeingiem na dostarczenie 42 maszyn B777 za kwotę 9,7 miliarda dolarów. W tym czasie siatka połączeń poszerzyła się o 46 nowych kierunków.