Od tego czasu pozycja socjalistów powoli wzrastała. W wyborach w 1998 zdobyli 5 mandatów, a w 2002 miejsc w Tweede Kamer. W przedterminowych wyborach w 2003 SP utrzymała ten stan posiadania, a w 2006 zdobyła 25 mandatów, stając się trzecią siłą w parlamencie. Jan Marijnissen każdorazowo jako lijsttrekker (lider listy wyborczej) uzyskiwał reelekcję, pozostając na czele frakcji poselskiej SP.
Brał aktywny udział w kampaniach społecznych, m.in. przeciwko zanieczyszczaniu środowiska. Był jednym z liderów kampanii na rzecz odrzucenia w holenderskim referendum projektu tzw. konstytucji europejskiej w 2005. Krytycy jego działań zarzucali mu autorytarny styl przywództwa, ultralewicowe poglądy w sferze opieki socjalnej, określano go jako lewicowego populistę.
17 czerwca 2008 zrezygnował z funkcji lidera partii i stanowiska przewodniczącego klubu parlamentarnego SP, argumentując decyzję względami zdrowotnymi (dyskopatia). Mandat deputowanego wykonywał do 2010. Pozostał jednocześnie na formalnym stanowisku przewodniczącego Partii Socjalistycznej.