W pierwszej reprezentacji Niño zadebiutował 17 kwietnia 1990 roku w przegranym 0:2 meczu z Meksykiem. W tym samym roku został powołany do kadry na finały Mistrzostw Świata we Włoszech. Tam był jedynie rezerwowym dla René Higuity i nie zagrał ani minuty. Kolumbia odpadła w 1/8 finału po porażce 1:2 (po dogrywce) z Kamerunem.
W swojej karierze Niño dwukrotnie był w kadrze reprezentacji na turnieje Copa América: Copa América 1989 (faza grupowa) oraz Copa América 1991 (3. miejsce), jednak nie zagrał na nich ani minuty.
Ogółem w reprezentacji Kolumbii Eduardo Niño zagrał w 3 meczach.
Kategoria:Reprezentanci Kolumbii w piłce nożnej Kategoria:Piłkarze Independiente Santa Fe Kategoria:Piłkarze América Cali Kategoria:Piłkarze Botafogo FR Kategoria:Piłkarze Unión Magdalena Kategoria:Piłkarze Millonarios FC Kategoria:Uczestnicy Copa América 1989 Kategoria:Uczestnicy Copa América 1991 Kategoria:Uczestnicy Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej 1990 Kategoria:Urodzeni w 1967 Kategoria:Ludzie urodzeni w Bogocie