Po uzyskaniu przez Chorwację niepodległości uregulowano stosunki państwa z Kościołem katolickim poprzez umowy zawarte ze Stolicą Apostolską w latach 1996-1998. Dotyczyły one m.in kwestii prawnych, nauczania religii i działalności kulturalnej, duszpasterstwa w siłach zbrojnych i policji oraz spraw gospodarczych. Kościół katolicki w Chorwacji posiada rozbudowaną strukturę terytorialną, obejmującą m.in. metropolie z siedzibami w Zagrzebiu, Splicie, Đakovie i Rijece oraz archidiecezję zadarskąCouncil of the Bishops' Conferences of Europe, Croatia.
W 2011 roku Kościół w Chorwacji borykał się ze skandalem związanym z wystawnym życiem hierarchów. Od 1996 roku dostawali od państwa budynki w ekskluzywnych miejscach w Zagrzebiu, które później remontowali. Finalizacją tego procesu było oddanie do użytku willi należącej do Konferencji Episkopatu. Ma ona 6000 m² powierzchni i kosztowała 10 mln euroAngora, nr 17 (1088), 24.04.11, "Onyksowa ściana płaczu", str. 79. Czechy