Na terenie miasta znajduje się 5 stacji kolejowych (z czego dwie nieczynne) oraz 8 przystanków osobowych (z czego cztery nieczynne).
Bydgoszcz Główna Najważniejszy dworzec w Bydgoszczy, z którego rocznie korzysta ponad 2 mln osób. Stacja posiada 7 peronów. Statystycznie korzysta z niej ponad 90% podróżnych przemieszczających się koleją z/do Bydgoszczy.
Bydgoszcz Leśna Druga ważna stacja kolejowa na trasie do Torunia i do Chełmży przez Bydgoszcz Fordon. Znajduje się tam mały budynek stacyjny umieszczony zaraz przy pętli autobusowej Os. Leśne. Stacja posiada 1 peron, przy którym znajdują się 2 tory. Tor 2 biegnie w stronę Bydgoszcz Bielawy, a tor 1 w stronę Bydgoszczy Głównej. Zatrzymują się tu wszystkie pociągi przejeżdżające przez teren stacji, z wyjątkiem niektórych pociągów kursujących w nocy.
Bydgoszcz Bielawy Mały przystanek osobowy przy lokomotywowni Bydgoszcz Wschód. Stacja posiada 2 perony i jest położona na północnym skraju osiedla Bartodzieje.