Na krótko uruchomiono wówczas połączenia z Poznaniem i Gdańskiem, ale najdłużej funkcjonującą i eksploatowaną linią lotniczą było połączenie Bydgoszcz-Warszawa.
Działania zmierzające do reaktywowania cywilnego portu lotniczego w Bydgoszczy podjęto w 1992 roku w efekcie dokonujących się w kraju przemian gospodarczych.
W celu uruchomienia lotniska powołano wówczas Bydgoską Korporację Lotniczą Sp. z o.o., która funkcjonowała do czerwca 1995 roku. W 1995 roku Bydgoską Korporację Lotniczą Sp. z o.o. została przekształcona w spółkę akcyjną Port Lotniczy Bydgoszcz S.A., która zarządza portem do dziś. Znaczącym osiągnięciem spółki było przekształcenie lotniczego portu regionalnego w Bydgoszczy w międzynarodowy port lotniczy.
Bydgoskie lotnisko posiada koncesję Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej oraz certyfikat „Polskie Świadectwo Kwalifikacyjne” wydany przez Główny Inspektorat Lotnictwa Cywilnego.
1 maja 2004 roku został oddany do użytku nowy budynek terminala pasażerskiego. Port otrzymał tytuł „Firmy roku 2003”. Tytuł ten został przyznany za szczególny wkład w rozwój regionu oraz osiągnięcia w rozwoju transportu lotniczego. 31 stycznia 2004 r. została wręczona statuetka Polskiego Klubu Biznesu.