W 1890 Zofia ogłosiła swój zamiar przejścia z luteranizmu na greckie prawosławie, co spowodowało jej konflikt z niemiecką rodziną, szczególnie z cesarzową, Augustą Wiktorią. W czasie I wojny światowej Zofia niesłusznie była podejrzewana o proniemieckie sympatie, gdyż jej brat był cesarzem Niemiec. W rzeczywistości, podobnie jak matka, była probrytyjska.
Niezwykle dystyngowana królowa Zofia była bardzo nieśmiała, wolała więc zajmować się dziećmi i niemal nigdy nie pokazywała się publicznie. Bywała przesadnie skrupulatna: każdej soboty wkładała białe rękawiczki, by sprawdzić czystość pałacowych mebli.
W 1916, gdy król i królowa zamieszkiwali w Tatoi, wybuchł tajemniczy pożar, który zniszczył ich pałac i większość otaczających go lasów. Królowa Zofia przebiegła półtorej mili trzymając w ramionach najmłodsze dziecko.
16 czerwca 1917 Konstantyn I abdykował. Zofia wraz z całą rodziną królewską wyjechała do Szwajcarii. W kraju pozostał jej syn, ówczesny król Aleksander I, który umarł w 1920. Konstantyn I otrzymał propozycję objęcia tronu po synu i cała rodzina wróciła do Grecji. Po porażce w wojnie w Azji Mniejszej, król został zmuszony do abdykacji.