Kiedy rozpoczynano prace nad Trójcą, część zespołu była zmęczona po opracowaniu dopiero co wydanej gry, a dodatkowo główny projektant Ken Rolston poróżnił się ze scenarzystą Douglasem Goodallem, co skutkowało odejściem Goodalla ze studia.
Trójcę zaprojektowano jako dodatek możliwy do rozegrania przez postać na dowolnym poziomie doświadczenia i w dowolnym momencie. Twierdzę Smutku oddzielono od wyspy Vvardenfell, co wymaga od gracza teleportowania się pomiędzy nimi, co było świadomą decyzją twórców, mającą ograniczać ryzyko nakładania się na siebie elementów z podstawowej wersji gry i tworzonych przez społeczność moderską. Fabuła poświęcona jest dwóm bogom Morrowindu: Almalexii i Socie Silowi – członkom tytułowej Trójcy, którzy nie pojawili się w podstawowej wersji gry. Projektant Mark Nelson przyznał, że prace nad dodatkiem rozpoczęły się od dyskusji na temat „rzeczy, które nie zostały do końca wyjaśnione w Morrowindzie”, a reżyser Todd Howard dodał, że „pozostałych dwoje członków Trójcy zostało w grze tylko wspomnianych, ale nie dowiedzieliśmy się, co się z nimi stało, więc uznaliśmy, że powinniśmy zgłębić ten wątek”.