Digby pozostał w marynarce po zakończeniu wojny. Początkowo zajmował się nielegalnym handlem przez kanał La Manche. W 1803 r. objął dowodzenie nad starym i słabo uzbrojonym okrętem HMS „Africa”. Razem ze swoim okrętem brał udział w bitwie pod Trafalgarem 21 października 1805 r. Nelson, obawiając się, że „Africa” nie poradzi sobie w starciu z francuską flotą, nakazał Digby'emu wyprowadzić okręt z akwenu bitwy. Plan się nie powiódł i „Africa” uwikłała się w wymianę ognia z okrętami francuskimi i hiszpańskimi, w wyniku czego została ciężko uszkodzona, jednak nie zatonęła.
Digby kontynuował karierę w Royal Navy osiągając w 1819 r. rangę kontradmirała. W 1815 r. został odznaczony Orderem Łaźni. W 1830 r. został wiceadmirałem, a niedługo później admirałem. W 1841 r. otrzymał Krzyż Wielki Orderu Łaźni. Po odejściu na emeryturę zamieszkał w Minterne Magna w hrabstwie Dorset.
17 kwietnia 1806 r. poślubił Jane Elizabeth Coke (zm. 29 kwietnia 1863), córkę Thomasa Coke'a, 1. hrabiego Leicester, i Jane Dutton, córki Jamesa Duttona. Henry i Jane mieli razem trzech synów i córkę: Jane Digby (3 kwietnia 1807–11 sierpnia 1881), Edward St. Vincent Digby (21 czerwca 1809–16 października 1889), 9.