Krytyka Admirał Fletcher spotkał się również z krytyką - głównie w osobie admirała Chestera Nimitza, który uważał, że działania Fletchera powinny być bardziej zdecydowane, co przyniosłoby jeszcze większe zwycięstwa. Krytyka ta była prawdopodobnie jedną z przyczyn podjęcia przez admirała Ernesta Kinga decyzji o usunięciu Fletchera z funkcji dowódcy zespołu lotniskowców po wygranej bitwie koło wschodnich Salomonów. Po tym jak jego okręt flagowy USS „Saratoga” został storpedowany przez japoński okręt podwodny w dniu 31 sierpnia 1942, uszkodzenia zmusiły go do powrotu do Pearl Harbor. Po zawinięciu do portu admirał Fletcher otrzymał urlop. Do zakończenia wojny nie brał już tak aktywnego udziału w działaniach bojowych. Od 18 listopada 1942 dowodził 13th Naval District and Northwestern Sea Frontier w Seattle. W 1944 r. objął również dowództwo rejonu Alaski. Organizował ataki na wyspy Kurylskie.