27 maja 1940 roku z obozu uciekł więzień narodowości żydowskiej. W odwet za tę ucieczką skazano na śmierć 10 dowolnie wybranych więźniów, wśród nich ks. Machaya. Nie ogłoszono żadnego wyroku i egzekucja odbyła się potajemnie dnia 5 czerwca 1940 roku między godziną 4 a 5 rano w wąwozie oddalonym o kilkaset metrów od obozu. O egzekucji dowiedziano się z przechwałek pijanych selbstschutzów, z których zwłaszcza jeden chorobliwie nienawidził ks. Machaya i katował przy każdej okazji, również przed rozstrzelaniem, gdy ks. Machay uklęknął, aby się modlić, był przez niego bity kolbą po głowie i został zastrzelony. Wszyscy zabici zostali pochowani we wspólnym grobie na miejscu rozstrzelania.
Ekshumacja zwłok ks. Ferdynanda Machaya i pogrzeb w Wiśniczu odbyły się 2 czerwca 1946 roku. Jego ciało zostało wówczas złożone na cmentarzu salwatorskim w Krakowie, gdzie zostało sprowadzone po ekshumacji w Wiśniczu przez ks. infułata Ferdynanda Machaya (sektor SC10, rząd 1, nr grobu 3).
mały|Grób ks. Ferdynanda Machaya na Cmentarzu Salwatorskim
Proces beatyfikacyjny 23 lutego 2004 w tarnowskiej Kurii ks. bp Wiktor Skworc otworzył proces beatyfikacyjny ks. Ferdynanda Machaya.