Niepopularnemu Kazimierzowi Raczyńskiemu, uważanemu za osobę przekupną, intryganta i agenta Cesarstwa Rosyjskiego, udało się nad ranem 17 kwietnia 1794 roku – w dniu wybuchu insurekcji warszawskiej – uciec z miasta. W czerwcu 1794 roku w opuszczonym przez Raczyńskich pałacu zainstalowała się Rada Najwyższa Narodowa, najwyższy organ władzy cywilnej podczas insurekcji kościuszkowskiej.
W 1806 roku, po wejściu wojsk francuskich do Warszawy, urządzono w nim kwatery dla francuskich oficerów. Zatrzymali się tutaj m.in. Louis Nicolas Davout, Joachim Murat, i Jean Lannes. W 1810 roku w drodze działów majątkowych pałac przeszedł na własność na Atanazego Raczyńskiego, ordynata obrzyckiego, syna nieżyjącego już wówczas właściciela Filipa Raczyńskiego. W 1827 roku sprzedał on pałac rządowi Królestwa Polskiego.
Od 1828 roku budynek stał się siedzibą Komisji Rządowej Sprawiedliwości. Podczas przeprowadzonego remontu m.in. dla bezpieczeństwa archiwów w oknach pomieszczeń znajdujących się na parterze wstawiono kraty. Usunięto też z fasady herb Nałęcz Raczyńskich. W 1853 roku podwyższono do dwóch pięter oficynę wschodnią przylegającą do klasztoru paulinów oraz zastąpiono znajdujące się od strony ulic Wąskiej (obecnie Kilińskiego) i Podwala oficyny drewniane murowanymi.