14.00, wymordowali większość przebywających w nim rannych.

Zastrzelono wszystkich znajdujących się na parterze oraz na pierwszym i drugim piętrze budynku. Ocalało kilkudziesięciu rannych znajdujących się w piwnicach, pomimo tego, że Niemcy wrzucili do środka oblane benzyną i podpalone koce. 4 i 5 września 1944 roku ok. 50 pozostających przy życiu Polaków uratowała ekipa PCK z kościoła karmelitów.

Dokładna liczba ofiar zbrodni dokonanej 2 września w pałacu Raczyńskich nie jest znana. Wiadomo, że tego dnia w szpitalu przebywało ok. 450 rannych. Liczba ludzkich szczątków – w celu uniknięcia epidemii ciała pomordowanych zostały później przez Niemców oblane benzyną i spalone – została w kwietniu 1945 roku oszacowana przez PCK na ok. 200. Ponadto kilkudziesięciu lżej rannych, którzy wraz z personelem medycznym 2 września przed południem otrzymali rozkaz opuszczenia budynku, zostało zamordowanych na ulicy Podwale (większość z nich zastrzelono w międzymurzu staromiejskich murów obronnych).

Po 1945 Mury pałacu w większości przetrwały, chociaż budynek był wypalony. Zawalił się dach, zniszczony został także narożnik gmachu od strony ulic Podwale i Kilińskiego. W całości ocalały piwnice. Zniszczenia budynku szacowano na ok.