Klimat Rezerwat posiada klimat górski, jednak stosunkowo łagodny w porównaniu z dalej na wschód położonymi pasmami Beskidów o zbliżonej wysokości. Obszar ten leży bowiem na styku wpływów oceanicznych i kontynentalnych i przez 2/3 roku cyrkulacja polarno-morska przeważa tu nad kontynentalną. Teren rezerwatu należy do najbardziej deszczowych w kraju: opady wynoszą tu od 1100 do 1700 mm rocznie, podczas gdy w Polsce niżowej od 500 do 600 mm rocznie. Znaczna część opadów występuje w postaci śniegu. Częste są wiatry typu fenowego, zwane popularnie „halnymi”, wyrządzające znaczne szkody w drzewostanach. W partiach szczytowych grubość pokrywy śniegowej często przekracza 2 metry, a czas jej zalegania sięga 140 dni. Okres wegetacyjny trwa w niższych partiach rezerwatu ok. 200 dni, a w wyższych skraca się do niespełna 150 dni.