Jest dyrektorem artystycznym i dyrygentem warszawskiej Orkiestry Kameralnej „Małej Filharmonii”, która od ponad 5 lat prowadzi działalność koncertową w kraju i za granicą, współpracując z najwybitniejszymi polskimi artystami. Płyta orkiestry z koncertami fortepianowymi Bacha, Mozarta i Beethovena w wykonaniu 11-letniego wówczas Stanisława Drzewieckiego uzyskała nominację do Fryderyka 1998.
Marcin Nałęcz-Niesiołowski koncertował m.in. z Orkiestrą Filharmonii Narodowej, Sinfonią Varsovią, Polską Orkiestrą Radiową oraz Narodową Orkiestrą Symfoniczną Polskiego Radia w Katowicach, z którą dokonał nagrań archiwalnych dla Polskiego Radia. Artysta koncertował także za granicą, m.in. w Hiszpanii, Danii, Meksyku, Maroku i Belgii, gdzie wraz z Orkiestrą Kameralną Leopoldinum brał udział w międzynarodowym festiwalu Europalia. W marcu 2002 roku w San Diego miał miejsce jego amerykański debiut, podczas którego poprowadził m.in. Stabat Mater Karola Szymanowskiego.
Od 1999 jest dyrygentem gościnnym Teatru Wielkiego – Opery Narodowej w Warszawie, gdzie m.in. przygotował i poprowadził premierowe przedstawienie baletowe Gala Niżyńskiego z muzyką I. Strawinskiego (Święto wiosny), C. Debussy’ego (Gry) i F.