Oddziałem dowodził funkcjonariusz niemieckich służb bezpieczeństwa. Pierwszym dowódcą był SS-Hauptscharführer Martin Weiss. W 1943 roku zastąpił go funkcjonariusz o nazwisku Fiedler. Najwyższymi rangą litewskimi oficerami Sonderkommando byli natomiast: Juozas Šidlauskas (od 23 lipca do listopada 1941), por. Balys Norvaiša (do końca 1943), sierż. Jonas Tumas.
Większość funkcjonariuszy była narodowości litewskiej. W Ypatingasis būrys służyło m. in. wielu uczniów Pierwszej Szkoły Zawodowej w Wilnie; niektórzy z nich w chwili werbunku mieli zaledwie 16 lat. Wśród funkcjonariuszy znajdowała się także pewna liczba Polaków i Rosjan. Znane są nazwiska trzech policjantów polskiego pochodzenia: Józef Miakisz (Juozas Makišius), Władysław Butkun (Vladas Butkunas), Jan Borkowski (Jonas Barkauskas).
Początkowo oddział kwaterował przy ul. św. Marii Magdaleny w Wilnie, później przeniesiono go na ul. Wileńską 12. Od 1943 roku jego siedziba znajdowała się w gmachu przedwojennego sądu przy ul. Mickiewicza 36 (ob. Prospekt Giedymina), w którym w latach niemieckiej okupacji mieściła się także siedziba wileńskiego Gestapo.