Począwszy od 23 lipca 1941 roku członkowie Ypatingasis būrys byli niemal wyłącznymi wykonawcami egzekucji, które przeprowadzano w podwileńskich Ponarach. W latach 1941–1944 na terenie znajdujących się tam niedokończonych magazynów paliwa lotniczego zamordowano około 80 tys. osób, w tym 72 tys. Żydów i około 1,5–2 tys. Polaków. Relacje świadków zbrodni ponarskiej wskazują, że policjantów z oddziału specjalnego charakteryzowało skrajne okrucieństwo i demoralizacja. Zdarzało się, że dla zaoszczędzenia amunicji wrzucali małe dzieci żywcem do grobu lub roztrzaskiwali im czaszki kolbami karabinowymi. Grabili pozostałe po ofiarach buty, ubrania i przedmioty codziennego użytku, po czym zazwyczaj je sprzedawali, niekiedy w zamian za alkohol. Po służbie rozchodzili się po okolicy, agresywnie traktując napotkanych mieszkańców Ponar. Zdarzało się nawet, że „dla rozrywki” strzelali do wracających z Wilna ludzi.
W 1941 roku Ypatingasis būrys przeprowadzało masowe egzekucje Żydów także w innych miejscowościach Wileńszczyzny.